ahci: device detection rewrite

- do not start a port before the BSY and DRQ flags have been cleared;
  as such, poll on device status rather than signature availability.
- change "ahci_sig_timeout" to "ahci_device_timeout" variable setting
  accordingly; this variable determines the polling duration before a
  newly attached device is given up on, and uses 30 seconds as default;
- use port connect changes (PCS/X/DET->1h) to kick off polling for an
  attached device; detachment is still detected by means of PhyRdy
  status changes (PRCS/N/DET<->3h).

ahci: rewrite timeout initialization code

- the "ahci_sig_timeout" variable now denotes the entire checking
  period, and the delay between checks has been hardcoded; what was
  previously "ahci_sig_checks" is now computed from those two;
- timeout values are no longer used for both millisecond and clock
  tick values, and better typed;
- the computation of timeouts is no longer off by half a second.

ahci: centralize, fix port reset

ahci: link FIS receive mode to memory allocation

There is no need to set/clear PxCMD.FRE on every port start/stop.

Also remove some already useless and now also incomplete port
reinitialization at startup.

ahci: use macros to access HBA and port registers

__aeabi_ldivmod: fix sign logic

. signed 64-bit divide incorrectly tested for sign compensation
  bits in the NEG (R5) register, causing the signedness of the
  quotient and modulus to be wrong for negative numerators.

Fixes test45 on ARM.

Change-Id: Id0df8fd97ea67cd0722db8cdd70a07e01b3d7870

impove memory accounting

. the total amount of memory in the system didn't include the memory
  used by the boot-time modules and some dynamic allocation by the
  kernel at boot time (to map in VM). especially apparent on our
  ARM board with 'only' 512MB of memory and a huge ramdisk.
. also: *add* the VM loaded module to the freelist after it has
  been allocated for & mapped in instead of cutting it *out* of the
  freelist! so we get a few more MB free..

Change-Id: If37ac32b21c9d38610830e21421264da4f20bc4f

VM: slight pagedir mapping generalization

. allow any number of pde's used for pagedir mapping
. allows >1024 NR_PROCS on x86, >64 on ARM
. allows NR_PROCS to be the same in both cases
. also cleanup: allocating spare PDE's is not necessary
  throw that function out

Change-Id: Ibb8f8cf6e7db6a4d6384b6911d1a3f3f5e5d8256

libexec: quiet

. harmless errors in the case of shell scripts

Change-Id: I461776024a21233e291102ca6d05dc7fa767f71a

ARM divsi3.S: raise(SIGFPE) when called for

. raise(SIGFPE) for modulo-0/divide-0 operations in
  internal int division functions
. gcc: do not link with -lgcc anywhere so these internal
  functions are always used from libc instead of (sometimes)
  masked by -lgcc
. together fixes test53 on ARM

Change-Id: I31ec19dfdd68b8a92695595da901874e63106f9d

t40c term[] count fix

. term[] did not have the promised number of entries

Change-Id: I06a45ca0d948a6876bf1bffd0ec4706c88b7a3b0

drivers: build random for arm too

Change-Id: I801643281fdacc6cb7950cc79a29bec28dcf40ec

opendir change: refinement

Change-Id: I90cc6929c9e7678da8e200688dcd40441efe030f

add opendir alias

Change-Id: Ib121e763bac7bea44a2f2533c454ff7d9361dc8d

ldivmod, uldivmod: fix qdivrem calls

. ldivmod, uldivmod were passing the modulo argument pointer
  in R4, which is bogus, as qdivrem expects it on the stack as
  per the EABI, causing essentially 'random' memory to be trampled
  by qdivrem. fix by pushing R4 before the call.
. also add these functions to -minc so -lminc clients can be
  linked without -lgcc

Change-Id: I90b0b28b51a188c93da5de6afb108224749ea794

ramdisk Makefile: CLEANFILES fix

test41: relax maximum timer tick rate

. on ARM (hz=1000) does not give code a chance to stop the timer

Change-Id: Id626bfed088400c3c3962ddfc5e8fbe23dd2a797

GPIO:further development

* Generalize GPIO handling.
* Add libs to configure gpio's clocks and pads
* Add Interrupt handling.
* Introduce mmio.h and log.h

Change-Id: I928e4c807d15031de2eede4b3ecff62df795f8ac

build:remove minix-sys.plist from version management.

Remove minix-sys.plist from version management it is generated by
the build system.

Change-Id: I6fc831992ea619e598130450f0f46b6fc01145ed

arm: protect state after signal handler

. set MF_CONTEXT_SET after signal handler state
  is set so it doesn't get clobbered by the kernel
  afterwards (i.e. by delivermsg()).

fixes at least test41.

Change-Id: I7e5e0e9311c8bbc1c0a9c7ca466ceddd9edfa03f

libexec: detect short files

if an exec() fails partway through reading in the sections, the target
process is already gone and a defunct process remains. sanity checking
the binary beforehand helps that.

test10 mutilates binaries and exec()s them on purpose; making an exec()
fail cleanly in such cases seems like acceptable behaviour.

fixes test10 on ARM.

Change-Id: I1ed9bb200ce469d4d349073cadccad5503b2fcb0

kernel, libc: signals fixes

. kernel: signal handler args for ARM
. kernel: sanity check return address (LSB indicates thumb mode)
. libc: properly retrieve signal mask for ARM

together fix test37 on ARM.

Change-Id: I4e00f754c50104ed85c7fdf8ec5ad54568f20a81

umount: getopt return value is int, not char

. causes infinite loop on ARM (default unsigned char?)

Change-Id: If00184f37317c8597a8203f68ec96f1ce5030853

kernel: scheduling fix for ARM

. make read_tsc_64 use the free-running clock, significantly
  improving scheduling behaviour

Change-Id: Idf6a12f6e26be7fe3b3664c278cae846d8b2a442

Fix warning about double rule for rc in ramdisk

Change-Id: I870364455e5cbfe178b3dba44a1c944ca7ed9d19

Upgrading sync

Change-Id: Ied34ebd1d2dc963f5a2af8fc3bbf8e6c94df61cf

Upgrading ls

Change-Id: Ie0bacf04e727fac5c6df7b2bcf5039e9ce800616

vm: fix sanity checks on arm

The 'polarity' of the RW bit is inversed on ARM, causing one
of the sanity check compensations to fail. ARM now runs basic
stuff with sanity checks passing.

Change-Id: Iee28ab63e430e759f204eeb204b24c301d5ea3c9

mmc:development

* let busy loops timeout.
* Start using interrupt handlers.
* Allocate the ramdisk only when used.

Change-Id: Ie08d66eefef3c8cd3ee16c04f74a9a50cc12b021

Importing bin/ln

Change-Id: I318e79f2d02dcff10bda8af335d286a78be5c5a2

Upgrading kill

Change-Id: I9ad71f08998ac17651d243afecbcc362e0f91b56

Upgrading pwd

Change-Id: I3bab8335ac58f2d0af20c5cee4b772b1175c2ede

Importing NetBSD expr

Change-Id: Ifdb1160cbfeb1324f6fcd612e66112fa0940227c

Upgrading echo

Change-Id: Idaa5da742b3cc9a1ee2f5c03f10e0627690556fa

Upgrading test

Change-Id: I1cd8e24475030989c95ba60b4e7462dacf945b9f

Upgrading printf

Change-Id: I78dbbf0d14e4d61f5dfbec53d3938453b3e03ee6

Fix command line history in ash

Also did some cleanup in ash sources, to make minix modifications
more obvious, as well as some simplifications (by removing code which
is never compiled)

Removed EDITLINE support, use libedit, which does the termcap/terminfo
handling.

Change-Id: I19f7f425ed6a61298844631f9d7f3173cf7f30c0

Fix file permissions in usr.bin/tput

Change-Id: Ieb29d7a91bbd90273e37406f5454e23c3131634a

ARM: provide free running clock to replace ccnt

The Cycle CouNTer on ARM cannot be used reliably as it wraps around
rather quickly and can be altered by user space (on Minix). Furthermore,
it's buggy when wrapping and is not implemented at all on the Linaro
Beagleboard emulator.

This patch programs GPTIMER10 as a free running clock at 1.625 MHz (it
doesn't generate interrupts). It's memory mapped into every process,
which enables libsys to provide micro_delay().

Change-Id: Iba004c6c62976762fe154ea390d69e518eec1531

arm: make signal handlers work

A few kernel and calling convention adjustments to make sigsend and
sigreturn work for arm.

. provide a arch_proc_setcontext for earm in kernel
. set LR in context of signal handler to provide a proper
  return address (to __sigreturn)
. change __sigreturn to retrieve the sigcontext pointer
  from the sigframe struct and pass it to _sigreturn() in r0

Change-Id: Icd135a70595382c79d11d8dd9876f6a6f1df41f8

libc: add stat aliases

. add non-internal aliases for stat, lstat, fstat

Change-Id: I87e025b2bf073ff56a5742fc1dcf5badb2b7b321

vm: fix kernel-requested mappings for arm

. make vm tell kernel virtual locations of mappings
. makes _minix_kerninfo feature work
. fix for mappings being larger than what 1 pde can address
  (e.g. devices memory requested on arm)
. still requires a special case for devices memory for the
  kernel, which has to switch to virtual addressing

Change-Id: I2e94090aa432346fa4da0edeba72f0b7406c2ad7

gpio:Initial GPIO driver.(ARM)

Small GPIO driver that exports a few pins using a virtual file
system. Currently the two user leds and the user button are exported.

Change-Id: I001d017ae27cd17b635587873f7da981054da459

Import infocmp from NetBSD

Convert the content of the terminfo database into human-readable
form, the same as used by the tic(1) command already present.

import tput from NetBSD

Posix tool to allow direct use of the terminfo database.
The clear script is adjusted accordingly.
The (MINIX-specific) clr equivalent is now gone.

Mined: allow Ins to mark

make: correct a typo of NetBSD source

Replace tell_config with NetBSD osrelease.sh

Ramdisk: remove mtab, as now obsolete

mkdep: restore NetBSD behaviour

Since MINIX has a working cc, do not introduce spurious differences

GNU tools: improvements to fetching process

- Do not run the fetch.sh script every time
- Do not run the configure script with MKUPDATE=yes (build.sh -u)
- The fetched GNU source are hidden from `git status`
- With CLEANFETCHED=yes, `nbmake -C tools cleandir` will remove the
fetched GNU source and return the MINIX tree to its pristine state.
- Avoid (harmless) message when building in parallel, about find
running against an inexistant path

Notice that the GNU tools are "installed" on every run, even with
MKUPDATE=yes; this is a feature of the NetBSD build system, because
in case of changes in dependencies it is impossible to know them.
See commit 1.27 2004-06-12 of tools/Makefile.gnuhost in NetBSD's src/

The downloaded tarballs are not removed with CLEANFETCHED:
they are supposed to be unmodified, and the exact name is not known
to the Makefile's, since it is engraved in each fetch.sh script (and
we do not want to have the same information in several places.)

VFS: fix select again

Change-Id: Ia5e26cdbfe38e3fb293dd57269a76b15c1fe236b

ARM: run with 64 processes only for now

Kernel/ARM: faster context save

Kernel/ARM: use modern srsdb invocation

libcsu: store argc and argv on the stack

Ramdisk: fix ramdisk creation for ARM

Also build and install log for ARM

ARM: disable __minix_init for now

On ARM we can't yet globally map pages into every process. So now that
we correctly receive the pointer to the globally mapped kern_info
struct, we have to ignore it on ARM because attempting to dereference
the pointer yields a segfault.

ARM: correctly store kernel_info_struct pointer

VM: ARM needs more spare pages

ARM: Provide linker script for VM

Split libsys in arch dependent parts

The ARM part is not finished yet and will be fixed in a later commit.

ARM: clear BSS upon boot

ARM: provide means to pass boot cmdline

PFS: verify nrbytes

tests: print error locations verbosely

So we don't have to figure out which line generated this error by
searching for the subtest/error code combination.

Change-Id: Icca0a776fd19f0f3d250ddb76916f5f932dd9b5e

getifaddrs: add un-namespaced alias

. needed for security/heimdal, needed for git

Change-Id: I8638945dffd0abffd487c47281ad7616da1b70db

Termcap update, replacing elvis by nvi.

Removing elvis, importing nvi, ctags, updating libedit.

Change-Id: I881eb04d2dc64cf112facd992de1114e1a59107f

Re-adding extended keys in minix termcap entry

Fixing cross build i386 on minix

build:fixes Files in DESTDIR but missing from flist.

* virtio

Change-Id: I0c3262cb346692b6caaed0b80ffc1e725dbc0c66

build:fixes Files in DESTDIR but missing from flist.

Change-Id: I9bf6de1697d1173898de2eda03f042f316427007

VFS/PFS: remove remnants of file position in pipes

VFS: fix select bug on pipes

ramdisk: traditional-cpp does not work with clang

build:fixes Files in DESTDIR but missing from flist.

Change-Id: Idb3d53a22bee6731fb22f435bf672a0ff180b863

ramdisk: add virtio-blk to proto and boot option

virtio: virtio-net driver

virtio: virtio-blk driver

pci: add virtio pci device ids

virtio: generic virtio library

kernel: fix sanity check

Replace previous change by different test

. so contents always get overwritten in out-of-tree case

drivers/ramdisk/Makefile fixup

Change-Id: I481830f19b650ff0d93bf319ca4d8e901657b8f8

Fixed bug in getrlimit as core dumps are supported now.

ARM updates

Due to the ABI we are using we have to use the earm architecture
moniker for the build system to behave correctly. This involves
then some headers to move around.

There is also a few related Makefile updates as well as minor
source code corrections.

Toolchain adaptation for ARM MINIX support

Reverting back to default value of MKARZERO

The value was changed to no for cross-building as the old binutils
could not handle the required flag. As this is now possible, the
default is restored.

This flags make sure that AR zeroes out some timestamps and uid/gid
fields in libraries, which would change for every build of the
library otherwise, preventing comparison between to builds.

Removing useless __NBSD_LIBC define in libcurses

misc:Add gerrit code review support.

Add gerrit code review support by adding a git-review configuration
file.

Change-Id: I63c2d22b946c6b64c90be120983ce81df890f6aa

sys/arch/x86/include updates

. primary purpose is to synchronize with <ieeefp.h> which
  expects a fp_prec from sys/arch/x86/include/ieeefp.h

csu: restore crt1.o symlink

. minix gcc package uses crt1.o to link

sprofalyze fixes

. accumulate sprof_info
. reset 'seen' endpoints for every file to keep in sync with kernel
  profile stream

tar: use utime() to restore timestamps

. otherwise all extracted files get 'now'

UPDATING instructions for libc/terminfo update

Fix warnings trivial warnings.

Fix warnings about:
 . Unused variables
 . format mismatch in printf/scanf format string and arguments
 . Missing parenthesis around assignment as truth values
 . Clang warnings anout unknown GCC pragma

Changing field utmp.ut_time from int to time_t

This makes sure the types are coherent, and right now, time_t is
defined as an long, through _BSD_TIME_T_. It previously was
hardcoded as an int, so the structure's size does not change.

Change-Id: If29e94ab53f605d1480fadb540f5b67be4ddaf5b

Importing common/dist/zlib

Change-Id: I46de716a98ccc501ca32b2a9445d9964594ddc61

Updating lib/libcrypt

Change-Id: I4dc5ca7c86abc5295ffc57386a14dd1d790fd489