eepromread: support for reading from /dev/eeprom

eepromread could only read EEPROMs through the /dev/i2c interface.
Once the cat24c256 driver is started and claims/reserves the
device, it can no longer be read through the /dev/i2c interface.

This patch adds support for reading from EEPROMs through the
/dev/eeprom interface. For example, to read the on-board eeprom
on the BBB, one would do `eepromread -f /dev/eepromb1s50 -i`.

Change-Id: If08ce37231e593982eeb109bdd6d5458ad271108

Importing usr.sbin/unlink

No Minix-specific changes needed

Change-Id: Iab2345f6a661e1c1f21f8ae1a414b88762de26fc

Importing usr.sbin/link

No Minix-specific changes needed

Change-Id: If202c617d5fa72b1c4ad5515637cdc0ee6f2d6ca

mkfs.mfs -I: insert fs at offset feature

. use it in x86_hdimage.sh:
  avoid copying big FS images into iso & hd images each time

Change-Id: I0775f43cd1821ea7be2fec5b96d107a68afb96d6

x86_hdimage.sh -i: crossbuild x86 release CD

        . build writeisofs as a native tool too for it
        . also mkfs.mfs: make missing file in proto nonlethal
        . make setup script a little more self-sufficient
        . hdboot: use INSTALL_FILE instead of INSTALL so that the
          results get added to the METALOG

Change-Id: Id233e4c861f81046bf6c4be0510b8a3bf39ff9be

libminixfs: fix buf leak

. mfs: add asserts to catch similar problems in the future

Change-Id: I939230b8d63f100ac071696425b35496b2169bc4

Importing usr.bin/jot

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I0f45ea7f45d6a254de9383fc4f9ff5e35a013d6b

Importing usr.bin/msgc

Minix-specific changes were needed in msg_sys.def:

 * use minix_mmap()/minix_munmap() since mmap()/munmap() aren't
   defined on Minix.

 * use MAP_PRIVATE flag since MAP_SHARED isn't defined on Minix.

Tested with usr.bin/menuc/testm.

Change-Id: I1c463e7b0623036050adb6a9079c6747e1c1e084

Importing usr.bin/menuc

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Ie663e08a515a393efaaeecacea15ef807aa8ecfb

arm:mmc driver refactor (use structs)

Defined register offsets and device configurations in structs to
allow more flexibility. This change will allow to support multiple
instances of a driver using a different bus. This is needed for the
BeagleBone Black.

Change-Id: I24e16faeea338c9a847941a846e6d4e49432525e

Importing usr.bin/colrm

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I3e1b8fd433ab976e1041575e9e654a5205277a29

Importing usr.bin/what

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I08ee48e2ebcdf5c87b557b44a5046b7382b120e5

Importing usr.bin/lam

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Ib3b0f922be8e170153660d308b541036507c0251

Importing usr.bin/sdiff

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Idbe7dcab6024d616022951f7942287fddecc3719

Importing usr.bin/shlock

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I34fb2911de21f91b0c02387e57c3d6fd4502cd43

Importing usr.bin/unifdef

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Icb828fb19f5f3a411a3f2e9dde35c2da30a04342

Importing usr.bin/hexdump

Replaces commands/hexdump as well as commands/od.
No Minix-specific changes were needed.

test/testsh2.sh was modified to match the spacing
used in the output of the NetBSD od command.

Change-Id: I65ee1d30e8cdd546097462df7c38c2d38f3e891d

Importing usr.bin/mkstr

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I58a8e61dc300d9f54588526613dbc7aa54bf627b

Importing usr.bin/xstr

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I1aa24aa9293ce56c732bff94b17faeb0f7c232a0

Importing usr.bin/fold

Replaces commands/fold. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Iefa9a082f900bb8c3a9f2f9f827ccbbd97c935f5

Importing usr.bin/tty

Replaces commands/tty. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I7ed8589a8cfb0f4fedab6eb760e321876db73502

Importing usr.bin/pathchk

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Ieff3f98a35f93f3e2fa613802327c37ce4878b86

Importing usr.bin/unvis

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I4308c729e1b392ab7d061d15fb901cbba60c6dd0

Importing usr.bin/vis

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I52e7a0b15553b6f067d82d568f3793c5b6ac2a77

Importing usr.bin/paste

Replaces commands/paste. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I92a6813502d552ad005ba6e856ce573508fc9f24

Importing usr.bin/lock

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Ib1582e594ce6928b0725f41b51f8bca678d4b11b

Importing usr.bin/fsplit

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I78021e6485b40a5b9f98b5d0e5ce0dc82b1ae46a

Importing usr.bin/csplit

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Id5d5deb380208ba9fccf404eab5128f8d892c255

Importing usr.bin/split

Replaces commands/split. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I3c6551cf52d4c43eea0e8005b9cae83e17271f2d

Importing usr.bin/whois

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Ia255774b1389a838714dc67be808b31258bab050

Importing usr.bin/comm

Replaces commands/comm. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Ifa37c86b09f958ca0d729f3a8030d0162819a080

PM: fix clock_gettime() nanosecond overflow

Change-Id: I969b30862cb671200a26b55afe3d523b6cfd2a7c

Importing usr.bin/asa

No Minix-specific changes needed

Change-Id: Ib83606334a487ab2e35c475dd591e29d0ebef7a5

Add UDP support to getsockname(2) and getpeername(2).

Change-Id: Ic035b961fb21a6fae75d3af87d714008ecedb874

Importing usr.bin/renice

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Ib698cef1dfa6b386cf658b6026409e0336a8b1c4

Importing usr.bin/write

Replaces commands/write. No Minix-specific changes needed.

The NetBSD version lacks a few features that were present
in the Minix version: cbreak mode, verbose, and shell escapes,
but the main write(1) functionality is there and working.

Change-Id: I87b9589c54d3595d26247d221bb3d1f613feeb8c

Importing usr.bin/mesg

Replaces commands/mesg. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Ief22ad7f050f8083d0b43a4ea90b348c504d99a2

Importing usr.bin/pwhash

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I7de666c3e010fef710805942c79b5674fea1d63c

Importing usr.bin/pr

Replaces commands/pr. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I3c4c03b38fc8c654e7c54c3a8af0e07a0dfc9f67

Importing usr.bin/uuidgen

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I8ab26f911ff9af2a41c3866badd66c16ed82b509

Importing usr.bin/units

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I2a3411bf78d5e31875d577dcd6df68f76da98137

Kernel: correct a case of misleading indentation

Reported by Coverity.

Change-Id: If5d8a890052918f59fcc966759e4676fc4c894f0

libbdev: fix IOCTL grant access bug

Reported by Coverity.

Change-Id: I34983312bebd9bf2449412b7dfa691ed208867ea

ahci: fix integer sign extension bug

Reported by Coverity.

Change-Id: Ie7eef9570c89c69a05ba45169a0ea838f0d8e320

Importing usr.bin/leave

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I2cd3f75255168a553ec5f9dd722ba1c51c09a0c1

Importing usr.bin/env

Replaces commands/env. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I1aefebe360962ae52241384c54f9466253d783c6

Importing usr.bin/printenv

Replaces printenv from commands/env. No Minix-specific changes
needed.

Change-Id: I64e63c9d0ca94faadc71906cf78d18fed5905e90

Importing usr.bin/column

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Ia883c948f6b9e5602f29fbf28f87646529563a84

Importing sbin/nologin

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I727432c4a28654e351a9289b3e03f143a1c26a7b

Importing usr.bin/users

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I886ff43d1ec63c6c3393bc1307425676b107a274

Importing usr.bin/cut

Replaces commands/cut. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I4e8e203eb8aad18232364f05cbdc961a57afae51

Importing usr.bin/unzip

No Minix-specific changes needed.

Change-Id: Ib0b2bf2254acf3d8704bd6acda83af997240ebcf

Importing usr.bin/nl

 * Add _SC_LINE_MAX to unistd.h (value of 15 from NetBSD).
 * Add _SC_LINE_MAX case to sysconf(3) in libc.
 * usr.bin/nl itself required no Minix specific changes.

Change-Id: I10f056ccdf4f212beb1272f735f41303e5036c05

release.sh: SVN to GIT updates

- exclude .git instead of .svn when using local source (-c);
- put the git tag (or "copy") in /etc/version rather than something
  outdated related to SVN;
- remove SVN-specific -s flag (suggested by Erik).

Change-Id: Ia35eb95c39ae93ebae5638c9dd7847428593b813

test75: fix child run time check bug

Change-Id: Ieb071f01bfd5a07093868e5dbfc7d941f435bf20

avoid alloc_contig() for iovec, mfs superblock

. initial workaround for assert() firing on iovec
  size on ARM. likely due to alloc_contig() allocating
  unusually mapped memory in STATICINIT.
. for the same reason use the regular cache i/o functions
  to read the superblock in mfs - avoid the alloc_contig()
  that STATICINIT does.

Change-Id: I3d8dc635b1cf2666e55b0393feae74cc25b8fed4

Importing usr.bin/nohup

Replaces commands/nohup. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I2fb7c387833a8898cf30fc3ac25ea53ee1031bd1

smp: build fixes for CONFIG_SMP=y

 * bitmap.h: declare an explicit return type for bits_fill().
 * arch_smp.c: update include clock.h to kernel/clock.h

Change-Id: Idea373fa4eaa53f8ce4ac4fc3ad56f9f1ca86bc7

Importing usr.bin/nice

Replaces commands/nice. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I3e089497dcd86893aa28e3a973496af5b1689f45

ipc: add missing printf argument.

A printf statement that only gets compiled when DEBUG_SEM is
defined had a '%' conversion without a corresponding argument.
This patch adds the argument.

Change-Id: I808076f7723baad111ab6fe8a0766d1da4904fd7

kernel: spelling fixes

Change-Id: I73c759bdef98be35be77130895ae0ec497e1b954

Revert "MAKEDEV: Add mtree output, and ramdisk set."

This reverts commit 4c87adc85c83ea5971ad647f4ee5d1d37625e30b.

Change-Id: I469fbbe6f49802cb86d81b059cb454d967f47079
Reason: Introduces new device nodes and removes old devices nodes which where unintended at this point.

MAKEDEV: Add mtree output, and ramdisk set.

Change-Id: I36cb7e9451960189a33a04a5c2e3ddb19c7be75e

usr.bin/toproto: Adding support for device nodes

Change-Id: I5958673274ecc06429c489a1ac5a88d2b3c31864

Importing usr.bin/tee

Replaces commands/tee. No Minix-specific changes needed.

Change-Id: I31481facfa9cd44860bf2b59ec779605dd8d2f2d

Fix some unintialized variables with -O3

Change-Id: I7c41b355a503f97501e9ecb768c77a80d1d7ef0c

Fix out of array bounds errors with -O3

When compiling with -O3 gcc seems to be a lot stricter on its checks for
index out of bounds error.

Change-Id: I5a63e1db6aa2375223ff13c6352643a9804fa93d

testsh2: allow compiler fallback to gcc

. lets test work in 'pure DESTDIR' environment

Change-Id: If7d45f01f20bc6369455d706b5ad47d36946fce3

test75: force child to use a minimum of cpu time

test75 sometimes false-fails if something else is going on
at the same time, presumably because the child doesn't spin
enough to register a nonzero getrusage() cpu time value, as
spin() uses the real time to limit the spinning.

this change forces spin() to do a minimum amount of spinning
before exiting, regardless of scheduling.

Change-Id: I57c63d22969bba418f36bcc8c5ace2b6fb445968

Importing usr.bin/machine

Change-Id: I7dd97073e94cbb75fdac7f15c73437c8ce44a606

Importing usr.bin/rev

Change-Id: I73c661eb9d4cca5c17b969bb3831541c1f7f9319

arm:fix for test54 and test55

Define the file name templates as char arrays to prevent the
toolchain from mapping them read-only.

Change-Id: Ib2395587b62d4a6ff19c88adc4246dcb41344a53

arm_sdimage.sh: use native minix partition util

. make filesystems on primary partitions to make it
  easier on the minix partition util
. so sfdisk isn't required as an external tool
. also make partition and hitherto x86-only utilities
  arch-independent

Change-Id: Ib4e07e45d038d084dde1858917d3deb7f0616532

arm:ensure read_tsc_64 always returns a valid value.

Before this change overflowing the free running clock counter
between the time the timer was read and the time the overflow
check was done resulted in read_tsc_64 returning a to high value.

Change-Id: I1022f271213647f720477c4121d45f0c965456c6

arm:mmc driver speedup.

Speedup the mmc driver one more time before doing a proper fix.

Change-Id: I9dbe9b1e16e71fed00c8ac3ca7fdc6c4374284c0

arm:caching enable barriers

Change-Id: I2c54a3c3c8f0502bf365901d771a989f7c556958

arm:caching clean caches before setting up mappings.

Change-Id: I9ff1bb04ea9c0adeb76e5176526448d93bfe29f5

arm:vm allow per memory type flags.

Change-Id: Id5a5bd479bdfbbc3fb52a85c29e1d7712a1171a7

arm:caching mark normal memory cacheable during identity mapping.

Change-Id: I7cd8da168744a3f32276803e99e8af0fea772574

arm:caching access the l1 pages over cacheable memory.

When we start using a new pagetable (for a new process)
the last part is to ensure the pagetable itself can be
accessed by VM. This is done in pt_bind by updating
the "pagetable of pagetables" and we want this mapping
to match other mappings to the l1 pagetable.

Change-Id: I7b506fd75553917fdc1abd25b55e4b2f25ccbf8d

arm:perform copy operation using same cacheability.

When copying data from cacheable memory also use cacheable
attributes when creating temporary mappings.

Change-Id: I0e8380293fb4edaafba49f6262983ad86a5350c5

arm:make the MMU fetch pagetable data through the caches.

Change-Id: Ibd7b66558c369d0c0792c02801562580d255fa1f

arm:caching add methods to flush the data and unified cache

Change-Id: Idb066dd01afbdbccd684bcdcf4af88b4b1ef870a

arm:caching define a new caching combination and use that.

This combo was taken from the startware examples.

Change-Id: I9ef8d4f4706124a6aaec72f5da65b5301c5c2301

arm:caching mark memory as cacheable.

kernel mappings that are not marked as  VMMF_UNCACHED are now mapped
as cacheable.

arm:caching introduce _CACHED defines

Introduce ARM_VM_SECTION_CACHED and ARM_VM_PTE_CACHED to ensure we
are using the correct caching flags everywhere.

arm:clarify pagetable code.

Make it clear that non RW mapped memory is mapped RO.

arm:document arm vm.h

arm:define the physical memory range for the omap.

Change-Id: I256dbeb58fec5b95b48d521054810fe478fce67f

arm:vm map free running clock uncached.

arm:allow to lookup physical addresses of sections.

Change-Id: If4716b81cceee5d8b30d5f103b772b0ac99fc807

block-dev:add additional sanity check.

Change-Id: Ib5b7cd93a50726b95c2e1b4c7eeedfefc824dd9c

arm:misc fix remove const modifier for value that changes.

Change-Id: I4ac96acdc66ea203a339108225c07c68959556c0

arm:use correct address mask for sections.

arm:timer changes.

* Allow to change the timer frequency using the hz paramter.
* Unmask the interrupt only after registering the handler.
* Pass the hz parameter in the command line.

posix-test:fix times test

Applications should use sysconf(_SC_CLK_TCK) to determine the number
of clock ticks per second as it may  vary  from system to system.

x86 hd image creator

A script that creates a HD image ready to be booted by an x86
emulator, ready to work in a crossbuild environment.

It's really just for qemu/kvm as there's no boot code in
the MBR and no bootloader installed so we rely on the in-kvm
multiboot implementation for now. This is very convenient for
passing args too.

To minimize reliance on external tools, we use the Minix
'partition' utility to write the partition table of the HD
image, which therefore has to be compiled natively.

. new script releasetools/x86_hdimage.sh
. natively compile minix 'partition' utility
. make <machine/partition.h> 64-bit safe for it

Change-Id: If645b4691536752271e0b8a8ed59a34f248dace4

release.sh: simplify by removing usb option

. relies on bios_wini which is long gone

Change-Id: I95257b6204cc6d928abcbd8492808b4b6450a99e

remove unused hdemu release mode

Change-Id: I3ca497eda3c0042cafb8ba88fe16202221823a9c

kernel: fixes for DEBUG_DUMPIPC mode

. add dependency of headers on debug.d
. put the generated headers in the right dir
. also resilience against future ELAST duplicate errno

Change-Id: I9d10702c8e09699a40138193f14defe902399da6